对仅有轻度发热和（或）肋脊角叩痛的肾盂肾炎，或3日疗法治疗失败的下尿路感染患者，应口服有效抗菌药物14日。如果用药后48~72小时仍未见效，则应根据药敏试验选用有效药物治疗。治疗后应追踪复查，如用药14日后仍有菌尿，则应根据药敏试验改药，再治疗6周。
对发热超过38.5℃、肋脊角压痛、血白细胞升高等或出现严重的全身中毒症状、怀疑有菌血症者，首先应予以胃肠外给药（静脉滴注或肌内注射），在退热72小时后，再改用口服抗菌药物（喹诺酮类、第二代或第三代头孢菌素类等）完成2周疗程。
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